| Chapter | ||
|---|---|---|
| Utiliser R | ||
| 1.-4. | ✅✅ | 😃 |
| 5. Programmation | ✅✅ | |
| 6. Rapports reproductibles | ✔️ | ✅✅ |
| 7. Contrôle de version | ✅✅ | |
| Principes de statistiques | ||
| tous les chapitres | ✅✅ | 😃 |
| Modèles linéaires | ||
| tous les chapitres | ✅✅ | 😃 |
| Modèles linéaires généralisés | ||
| tous les chapitres | ✔️ | ✅✅ |
| Modèles mixtes | ||
| tous les chapitres | ✅✅ | |
| Modèles additifs généralisés | ||
| tous les chapitres | ✔️ | |
| Analyses multivariées | ||
| tous les chapitres | ✔️ | |
| Approche Bayésienne | ||
| tous les chapitres | ✅✅ | |
| Suggéré ✔️ ; Obligatoire ✅✅ ; connaissances attendues (pourraient avoir besoin d'une remise à niveau) 😃 | ||
Sur le chemin de l’enf-R
Une introduction au monde merveilleux de R
En cours de traduction
Préface
Avertissement
Première version en cours de traduction. Pas encore revue par un humain
Certaine section non encore développée
L’objectif de ce livre
L’objectif de ce livre est double :
- Vous présenter R, un environnement interactif puissant et flexible pour le calcul et la recherche statistiques.
- Vous présenter (ou vous familiariser à nouveau) avec l’analyse statistique effectuée dans R.
R n’est pas difficile à apprendre en soi, mais comme pour toute nouvelle langue (parlée ou informatique), la courbe d’apprentissage initiale peut être raide et quelque peu intimidante. L’objectif n’est pas de tout couvrir (ni avec R, ni avec les statistiques), mais simplement de vous aider à franchir le cap (potentiellement plus rapidement) et à vous fournir les compétences de base (et la confiance !) nécessaires pour commencer votre propre voyage avec R et avec des analyses spécifiques.
Livre multilingue
Le livre est fourni comme un livre multilingue qui brise la barrière de la langue et permet potentiellement de faciliter l’apprentissage de R et de son environnement principalement anglophone. Nous sommes toujours à la recherche de bénévoles pour nous aider à développer le livre et à ajouter d’autres langues à la liste qui ne cesse de s’allonger . N’hésite pas à Nous contacter si tu veux nous aider
Sur la page web, tu peux changer de langue via le dans la barre de navigation. Après avoir changer de langue, tu peux télécharger le document en pdf ou epub pour cet langue .
Liste des langues :
- anglais (publié mais à peaufiner)
- français (en développement, en attendant que l’anglais soit peaufiné)
- espagnol (un jour peut-être…)
- … des volontaires pour plus ??
Qui sommes-nous ?
Julien Martin est professeur à l’Université d’Ottawa en Écologie évolutive. Il a découvert le merveilleux monde R avec la version 1.8.1 et l’enseigne depuis R v2.4.0.
Augustin Birot est étudiant au doctorat à l’Université d’Ottawa en Écologie évolutive.
Contribution au livre
JM: développement et écriture de la première version des chapitres en anglais, mise en page, traduction, maintenance
AB: traduction en français et clarification de tous les chapitres.
Remerciements
La première partie du livre sur l’utilisation de R a commencé comme un fork sur github à partir de l’excellent livre en anglais An introduction to R de Douglas, Roos, Mancini, Couto et Lusseau (Douglas 2023). Il a été forké le 23 avril 2023 à partir de Alexd106 github repository puis modifié et mis à jour en fonction de mes propres besoins et de ma perspective d’enseignement de R. Le contenu n’a pas été revu ni approuvé par les développeurs précédents.
Plusieurs parties du livre sont basées sur des manuels de laboratoire pour les cours de biostatistique à l’Université d’Ottawa écrits par Martin, Findlay, Morin et Rundle.
Sites ayant fourni de nombreuses informations pour le livre :
Crédits d’image
Les photos, images et captures d’écran sont de Julien Martin sauf lorsque indiqué dans la légende.
L’image de couverture a été générée par Nightcafe Ai Art generator. Le Favicon et l’autocollant hexagonal ont été créés à partir de l’image de couverture.
Note
plusieurs captures d’écran sont actuellement réalisées par Alex Douglas et sont en train d’être refaites pour pour se conformer à la déclaration précédente
Licence
Je partage cette version modifiée du livre original sous la licence Licence Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International.
Si tu enseignes R, n’hésite pas à utiliser tout ou partie du contenu de ce livre pour aider tes propres élèves. La seule chose que je te demande, c’est de citer la source originale et les auteurs. Si tu trouves ce livre utile ou si tu as des commentaires ou des suggestions, j’aimerais beaucoup que tu me les fasses parvenir (contact info).
Citer le livre
Julien Martin. (2024). Sur le chemin de l’enf-R. Un livre multilingue d’introduction à R. Version: 0.6.0 (2024-10-29). DOI: 10.5281/zenodo.13801265
Lecture associée au cours
Collant Hex
Comment utiliser ce livre
Pour une meilleure expérience, nous te recommandons de lire la version web de ce livre que tu peux trouver à https://biostats-uottawa.github.io/enfR.
La version web inclut une barre de navigation incluant des options pour faciliter la lecture , de recherche , pour changer la couleur et pour suggérer des modifications ou reporter des problèmes . Tu peux aussi télécharger le document au format pdf ou epub.
Nous utilisons quelques conventions typographiques tout au long de ce livre.
Le code R et la sortie qui en résulte sont présentés dans des blocs de code dans notre livre.
Les fonctions dans le texte sont présentées avec des parenthèses à la fin en utilisant la police de code, c’est-à-dire
mean()ousd()etc.Les objets sont représentés à l’aide de la police de code sans les parenthèses, c’est-à-dire
obj1,obj2etc.Les paquets R dans le texte sont indiqués en utilisant la police de code et suivis de l’icone 📦, exemple
tidyverse📦.Une série d’actions nécessaires pour accéder aux commandes de menu dans RStudio ou VSCode sont identifiées comme suit
File->New File->R Scriptce qui se traduit par “clique sur le menu Fichier, puis clique sur Nouveau fichier et sélectionne R Script”.Lorsque nous faisons référence à IDE (Integrated Development Environment : Logiciel d’Environnement de Développement Intégré) dans la suite du texte, il s’agit de RStudio ou de VScode.
Lorsque nous parlons de .[Rq]md, nous entendons par là les documents R markdown (.Rmd) ou Quarto (.qmd) et nous parlerons généralement des documents R markdown en faisant référence à l’un ou l’autre des fichiers
.Rmdou.qmd.Le manuel tente de mettre en évidence certaines parties du texte à l’aide des encadrés et icônes suivants.
Des choses à faire pour toi
Code R et explications
Avertissements
Points importants
Notes