Syllabus

Description du cours

Biostatistique appliquée à des problèmes réels. Conception expérimentale et collecte de données. Conséquences de la violation des hypothèses de différents tests. Analyse de Monte Carlo et Bootstrap. Études de cas et exercices d’utilisation de progiciels d’analyse statistique.

Le cours couvre les fondements des statistiques (distributions, ICs, p-values, théorème de la limite centrale, pensée bayésienne, …) et les modèles linéaires (t-test, ANOVA, régression, ANCOVA, modèle linéaire général) en utilisant R.

Cours

L’équipe enseignante

Enseignant

Assistant d’enseignement

Heures de bureau

Les réunions se dérouleront en personne ou en ligne à l’aide de Zoom. Veuillez d’abord consulter les assistants d’enseignement pour toute question relative aux exercices et aux travaux pratiques.

  • Julien Martin: Lundi 1430-1530 (GNN 279)
  • Augustin Birot: Mercredi 1530-1630 (GNN Hall 4ième)

Calendrier

  • Lectures
    • Lundi, 1000-1120 in MRT-219
    • Mercredi, 0830-0950 in CRX-440
  • Labos
    • Jeudi, 1130-1420 in MNT-141

Il n’y a pas de cours magistraux ni de travaux dirigés pendant la semaine de relâche.

L’examen de mi-session se déroulera pendant le laboratoire qui suit la semaine de relâche.

L’examen final aura lieu pendant la semaine des examens.

Voir le site web du cours pour les détails de l’horaire

Conditions préalables

MAT 2379/2779 ou un cours d’introduction aux statistiques équivalent.

Objectifs du cours

  • Comprendre les principes fondamentaux de l’inférence statistique
  • Comprendre les principes généraux qui sous-tendent les tests les plus courants
  • Connaître les hypothèses sous-jacentes aux tests les plus courants et comprendre l’impact de leur violation
  • Être capable d’effectuer des analyses statistiques standard à l’aide de R
  • Acquérir la capacité d’interpréter correctement la signification statistique et biologique des tests statistiques

Organisation

Cours magistraux et discussions en classe sur les tests statistiques les plus courants.

Exercices en laboratoire qui illustrent les principaux concepts et permettent d’appliquer la théorie à des situations réelles.

Textes et logiciels

  • (recommandé mais non obligatoire) Motulsky, H. J. Intuitive biostatistics. 4e édition. Oxford University Press, disponible à la librairie de l’Université d’Ottawa. Des copies usagées de la 4e édition devraient être disponibles (nous l’avons utilisée l’an dernier) ; des copies usagées de la 3e édition conviendraient également. Errata : Voir ici pour les corrections d’erreurs dans les 2e, 3e et 4e éditions.
  • R : logiciel libre pour le calcul statistique et les graphiques. Il se compile et s’exécute sur une grande variété de plateformes UNIX, Windows et MacOS. Pour télécharger R, veuillez suivre ce lien et choisir votre miroir CRAN préféré.

Évaluation

Pondérations d’évaluation

Bio4558

  • Travaux de laboratoire : 40% (8 rapports pendant le trimestre, 5% chacun)
  • Examen de mi-parcours (pendant le laboratoire après la semaine de lecture) : 20%
  • Examen final (pendant la semaine d’examen) : 40%

Bio5558

  • Travaux de laboratoire : 40% (8 rapports pendant le trimestre, 5% chacun)
  • Examen de mi-parcours (pendant le laboratoire après la semaine de lecture) : 20%
  • Rapport final (à soumettre avant la semaine d’examen) : 40%

Travaux de laboratoire

Les rapports écrits comptent pour 40% de la note finale. Il y a 8 rapports et ils comptent donc pour 5% chacun. Vous pouvez travailler individuellement ou en équipe jusqu’à trois (cette dernière est encouragée). Si vous soumettez un travail d’équipe, tous les membres de l’équipe recevront la même note, sauf circonstances exceptionnelles. Vous devez soumettre une seule copie PDF de vos travaux avec les noms et identifiants de tous les étudiants en haut de la page (soumettre une seule copie pour le groupe). Les travaux en retard seront pénalisés de 10 % par jour ou partie de jour. Les devoirs consisteront soit en une série de questions auxquelles il faudra répondre, soit en une analyse statistique à effectuer. Un barème de notation spécifique est fourni pour chaque rapport sur Brightspace

Examens

Mi-session

Durée de 1h30 après la semaine de relâche durant la période de labo. En classe (voir l’horaire pour la date), livre ouvert, les calculatrices sont autorisées. Aucun rattrapage ne sera proposé.

L’examen de mi-session sera disponible sur le site web du cours par la suite ; si vous ne le passez pas officiellement (par exemple, pour des raisons médicales), je vous suggère fortement de l’essayer sur votre temps libre. Nous nous ferons un plaisir de le noter pour vous donner un feedback (votre note ne sera pas prise en compte dans votre note finale). Ceux qui manquent l’examen de mi-parcours et ne le font pas ont généralement de mauvais résultats à l’examen final.

Examen final (Bio4558 uniquement)

Il s’agit d’un examen à livre ouvert, les notes de cours et les calculatrices étant autorisées. L’examen durera 3h et posera des questions théoriques et pratiques, y compris quelques petits calculs. Il n’est pas nécessaire d’exécuter un code R.

Rapport supplémentaire (Bio5558 uniquement)

L’évaluation finale prendra la forme d’un rapport écrit de l’analyse des données (unique pour chaque étudiant) de 15 pages à soumettre avant la période d’examen.

Contestations de la notation

Si vous estimez qu’une erreur a été commise dans la notation d’un devoir ou d’un examen, vous disposez d’un délai de 10 jours ouvrables à compter de la date de retour de l’examen pour demander une nouvelle notation. Au-delà de ces 10 jours ouvrables, la note est considérée comme définitive. Si le problème concerne un travail de laboratoire, veuillez consulter l’enseignant-chercheur qui l’a noté ; s’il s’agit d’un examen, veuillez vous adresser à l’enseignant du cours.

Lors d’une réévaluation, la nouvelle note sera maintenue, qu’elle soit supérieure ou inférieure, il n’y a donc aucune garantie que votre note augmente. De simples erreurs d’addition se produisent malheureusement parfois, étant donné le volume de devoirs et d’examens que nous devons corriger, et ces cas sont faciles à corriger. Toutefois, les litiges concernant des notes partielles sur des réponses partiellement correctes ne seront pas toujours en votre faveur et devraient être réservés aux situations dans lesquelles vous estimez avoir des arguments solides. Lorsque vous demandez une réévaluation, vous devez fournir une explication de ce que vous pensez être le problème (c’est-à-dire pourquoi vous pensez que vous méritez une meilleure note). Plus vous serez précis, plus vous aurez de chances d’obtenir gain de cause.

Je ne prends pas en considération les arguments en faveur de notes supplémentaires simplement parce que vous êtes proche de la note supérieure.

Le plagiat

Le plagiat est l’acte de faire passer les mots ou les idées de quelqu’un d’autre pour les siens. Le plagiat est une infraction académique majeure (voir le règlement de l’Université d’Ottawa sur la fraude académique : Fraude académique) et est également illégal. Nous respectons la loi. Il est essentiel que vous compreniez ce qu’est le plagiat et comment vous pouvez l’éviter. Pour plus d’informations, consultez le document suivant du Service de la réussite scolaire des étudiants.

Présence

Conformément à la politique de l’Université d’Ottawa, les étudiants ont la responsabilité de participer aux diverses activités d’apprentissage et d’évaluation de ce cours afin de s’assurer qu’ils réussissent dans tous les cours de leur programme d’études. La présence aux cours magistraux et au laboratoire n’est pas formellement requise pour ce cours, mais elle est FORTEMENT recommandée. Les diapositives fournies ne comprennent pas tout le contenu présenté et discuté en classe, et les assistants d’enseignement et le professeur sont disponibles pendant les laboratoires pour aider avec les exercices et les devoirs. Les heures de bureau des assistants d’enseignement et du professeur sont destinées à vous permettre de poser des questions relatives au matériel de cours et ne peuvent pas remplacer un cours ou un laboratoire manqué.

Le bilinguisme

Sauf dans les programmes et les cours pour lesquels la langue est une exigence, tous les étudiants ont le droit de produire leurs travaux écrits et de répondre aux questions d’examen dans la langue officielle de leur choix, quelle que soit la langue d’enseignement du cours.