Biostats uOttawa

Le site regroupe les différentes ressources développées par Julien Martin pour les cours de biostatistiques à uOttawa.

Cours de biostatistique à uOttawa

Biostatistiques appliquées avec R (Bio4x58 / Bio5x58)

  • Cours offerts aux étudiant au baccaulauréat (Bio4x58) et aux étudiants gradués (Bio5x58) en anglais (Bio4158 / Bio5158) et en français (Bio4558 / Bio5558)
  • Contenu :
    • Fondements des statistique (distributions, IC, valeurs p, théorème de la limite centrale, raisonnement bayésien, …)
    • Modèles linéaires (t-test, ANOVA, régression, ANCOVA, modèle linéaire général)
    • Introduction à R et ensuite tout est fait avec R
  • Pré-requis:
    • cours d’introduction au statistiques obligatoire (MAT279 ou équivalent)
    • Aucune connaissance de R et des statistiques requises
  • Sites des cours: BioX158: anglais / BioX558: français
  • On the R-way to hell / Sur le chemin de l’enf-R est utilisé comme manuel de cours et de laboratoire.

Biostatistiques avancées et science ouverte (Bio8940)

  • Cours bilingues offerts aux étudiants gradués
  • Contenu :
    • Brève révision des modèles linéaires (prérequis)
    • Modèles linéaires généralisés
    • Modèles mixtes (lmm et glmm)
    • Approche bayésienne
    • Tout est fait avec R
    • Quarto / Rmarkdown
  • Pré-requis:
    • connaissances fonctionnelle de R (chargement de données, graphique et statistiques de bases)
    • bonne compréhension des modèles linéaires
    • Essentiellement Bio4x58
  • Site du cours
  • On the R-way to hell / Sur le chemin de l’enf-R est utilisé comme manuel de cours et de laboratoire.

Livres et tutoriels

Sur le chemin de l’enf-R (Biostats avec R)

Il s’agit d’un livre d’introduction aux statistiques et à R avec une approche multilingue. Le livre couvre une introduction à l’utilisation de base de R (chargement de données, manipulation et traçage), ainsi que des statistiques simples, la programmation, l’utilisation de github et de R markdown /Quarto avec R Studio et VS code.

Le livre (encore en développement) est disponible en anglais et français. J’ajouterai d’autres langues plus tard dans l’année, avec l’aide de volontaires.

Voici également quelques diapositives sur une introduction à R uniquement en anglais (slides).

Comment f-R un modèle animal

Le livre est un tutoriel sur comment faire un un modèle animal avec R en utilisant plusieurs paquets R. Le projet est basé sur les tutoriels fournis dans “An ecologist guide to animal model” par Wilson et al. (2010), mis à jour et étendus.

Consultations en statistique

Je fournis des services de consultation en biostatistique dans le cadre de mon service au département de Biologie. Pour discuter de vos problèmes en statistiques, veuillez simplement me contacter pour prendre un rendez-vous.

Veuillez avoir avec vous (ou me l’envoyer en avance):

  • vos données
  • votre code R (au minimum capable de charger les données)
  • une hypothèse de travail ou question biologique claire

Une consultation statistiques n’implique pas de m’ajouter en tant ue que co-auteur. Je demande simplement que vous m’ajoutiez au Remerciements/Acknowledgements de votre thèse et/ou manuscript. Je reconnais que dans certains cas, e.g. nombres répétées de consultations sur le même projet incluant le développement de code et analyse spécifique au projet, je peux devenir co-auteur sur un projet. Cette discussion a habituellement lieu de manière naturelle et à toujours lieu de manière ouverte et ransparente avec les personnes impliquées, étudiant.e.s et PI.s. Jusqu’à maintenant, je n’ai jamais demandé à être co-auteur, et je suis devenu co-auteur sur 3 articles et j’ai été consulté pour plus de 50 projets.

Extension Quarto pour une science reproduisible

Extensions Quarto pour faciliter la production de document reproduisible pour les étudiants gradués en Biologie de l’Université d’Ottawa

  • bio-uo-proposal:
    donne la structure nécessaire pour un proposé de recherche avec la mise en page adéquate (format pdf seulement pour l’instant, format docx en développement).
  • bio-uo-thesis:
    donne la structure et le formatage requit pour produire une thèse en format html et pdf pour l’université d’Ottawa. Le format html peut être rendu disponible via un site github.